使用目的不同：生物安全實驗（experiment)室是為了保護操作者和實驗（experiment)室外的人員不受感染。實驗室建設實驗室布局按照安全要求合理地劃分成清潔區、半污染區和污染區，采用人與物分別設置專用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散。實驗室凈化無菌試驗室、生物安全實驗室必須保證人身安全、環境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環境。生物安全控制（control)。普通潔凈實驗室是為了保護產品不受污染。室內環境控制（control)。
實現方法不同：生物安全實驗（experiment)室相對大氣為負壓，對室內壓力及相鄰房間的壓力梯度嚴格控制（control)，控制（control)室內氣流流向。采用全新風送風，排風及送風均采用雙風機(Draught Fan)系統，一用一備，自動投入運行。排風系統要加HAPE過濾器(作用:過濾雜質等)。自控要求較高。普通潔凈實驗（experiment)室相對大氣為正壓且壓力差值較小，對室內壓力及相鄰房間的壓力梯度控制要求較低。一般采用新風+回風的送風系統，送風及排風系統均不用風機(Draught Fan)。排風系統不加HAPE過濾器(作用:過濾雜質等)。自控要求相對較低。
運行模式不同：生物安全實驗（experiment)室的運行模式一般有正常運行模式、值班運行模式、消毒運行模式；根據實驗（experiment)室使用方式及消毒方法的不同，對室內的條件控制（control)及風量(定義:單位時間內空氣的流通量)控制（control)有所不同。潔凈實驗室由于潔凈實驗室-生物安全實驗室內操作對象是危險性的微生物，對人體、動植物或環境具有危害，必須通過采用合理的空氣調節系統，保持潔凈實驗室-生物安全實驗室的相對負壓環境無論何時都不被破壞，以保證實驗室內危險性微生物不能向外部環境中擴散。一般潔凈實驗室的運行模式一般僅有正常運行模式，要求條件高的項目才會有值班運行模式，一般不會考慮（consider)消毒運行模式。