1、試劑準備區儀器設備主要有冰箱、超凈臺、加樣器、混勻器、天平和離心機等,加樣器、天平除了要專用外,還應定期校準。試劑分裝應在超凈臺中進行擴增反應混合液應使用分子生物學級的,試劑制備好后應有質檢:一是否有污染、二是檢測試劑的擴增效果；

2、標本制備區儀器設備主要有生物安全柜、加樣器、離心機、溫育儀、混勻器等；

3、擴增區的主要儀器是核酸擴增儀、超凈臺、微量加樣器、離心機可移動紫外燈。擴増儀需進行校準。并配備UPS電源,以防止由于電壓的波動,停電對擴增效果的影響。

4、分析區所使用的儀器設備主要有酶標儀、洗板機、加樣器和水浴箱、DNA測序儀等。